喬偷走寶典後與妻子蘿拉決定忍痛將他們剛出世的兒子凱·艾爾送離氪星，將寶典輸進凱的基因裏保管，隨即將凱送進曲速太空艙中送至地球。絕望的薩德親手殺死喬，而政府軍成功奪回局勢抓獲薩德，將他與剩餘叛軍集體以冷凍狀態由監獄艦船送進幻影區中流放。不久，氪星氣數已盡，蘿拉許願希望兒子凱「創造一個更好的世界」後與星球陪葬。凱的船迫降在美國堪薩斯州齊莫維爾小鎮的一塊農田，被農夫夫婦強納森和瑪莎·肯特收養，起名「克拉克·肯特」。

克拉克在對身世一無所知的情況下成長，起初因爲花時間適應地球環境，加上被養父養母過度約束和保護而被其他人視爲怪胎。一日，克拉克被迫暴露超能力拯救落河的校車，強納森認爲瞞不下去而向他展示他嬰兒時乘坐的太空艙，以及一個印有S形狀的鑰匙，表示鑰匙並不是地球上的元素構成，克拉克明白他不是地球人後，還是甘願做一個人類。二十年後，長大的克拉克於各地尋找自己身世的線索，無意間探聽到軍方在北極冰川上找到一個氪星於一萬二千年前留在地球的偵查船。

克拉克潛入軍方營地走進船體中，將鑰匙插進駕駛室後見到父親喬·艾爾的意識投影。喬爲克拉克講述氪星的歷史與毀滅，爲兒子提供一件由氪星物質所製成的紅藍色戰鬥服，提醒戰服中心的艾爾家族之S符號代表「希望」，告知他能以氪星的過錯爲戒而爲人類展示一條更好的道路。

跟隨軍方來到北極考察的《星球日報》女記者露薏絲·蓮恩進入偵察船視察時，被防禦系統攻擊而受重傷，克拉克的及時趕到幫她治好傷後將她放在冰川上等救援。露薏絲獲救後回到大都會，將她所見的經歷彙報給主編派瑞·懷特，其認爲故事過於離譜而拒絕刊登。

露薏絲便私自將文章發佈在網路上，走向各地去詢問克拉克的線索，最後在齊莫維爾的肯特農場遇見瑪莎。於採訪中，她得知強納森幾年前死於龍捲風災難，以犧牲性命來保護克拉克的身份。露薏絲聽完這段經歷後打消公開故事的念頭。旅程結束的克拉克回到家和瑪莎團圓，表示自己已經找到身世和族人。

隨着氪星毀滅而和忠誠者脫離監禁的薩德將軍，靠北極偵察船的信號追蹤到地球后，入侵全球網路威脅克拉克投降。知情克拉克事蹟的露易絲被軍方逮捕，克拉克也爲了保護地球而自首，交涉結束後會見薩德派下去的心腹司令費歐拉，但菲歐拉照命令將露薏絲也一同帶走。

所有人登上監獄船後會面薩德，薩德講解他來到地球的真正目的，是要取回喬·艾爾當年搶走的中樞寶典、通過改造地球來重塑氪星。露薏絲遭監禁途中用克拉克的S徽章而啓動喬·艾爾的投影，在他的指引下坐逃生艙逃離監獄船，克拉克也一同脫離束縛後飛出去救出將近墜毀的露薏絲。薩德一方尋找寶典的過程中和克拉克在小鎮上發生惡戰，空軍上校納森·哈迪領導的美軍遊騎兵部隊也來到現場一同參戰。克拉克作戰過程中救了幾名美軍，因此得到哈迪等人的信任。

薩德知曉寶典被輸入克拉克基因內，決定先對地球實施氪星化，放出改造大地使用的世界引擎降落至印度洋一帶後，將他們的監獄船降至大都會上方，開始開啓重力場去改造地球的大氣、地形、與環境質量。大部分周遭市民全部被重力場吞噬，戰鬥機的導彈也無法擊中目標，而軍方開始採用克拉克的方法：

利用他兒時的太空艙以投彈方式、製造一個通往幻影區的黑洞來摧毀薩德的艦船。克拉克摧毀世界引擎後，重力場隨之消失，哈迪上校因時間緊迫而用自殺式攻擊，駕駛運輸機撞擊監獄船後形成一個黑洞，導致薩德的部下們集體被吸回幻影區。薩德來到北極掌控偵察船，來到大都會剛要展開攻擊卻被克拉克直接摧毀而墜至地面。克拉克接住從運輸機掉下來的露薏絲，多數城市倖存者也目睹他的壯舉。

痛失一切的薩德決定徹底摧毀地球，和克拉克展開最終決戰，兩個強大氪星戰士經過一連串的苦戰下還是不分上下。薩德打算靠熱視線殺死一個家庭來對克拉克施加痛苦，克拉克由於無力阻止他，最後只能忍痛扭斷薩德的脖子使他當場身亡。

災難結束後，大都會開始重建工作，克拉克掃清跟蹤他的軍方儀器後，爲了第一時間知道世界各地發生的任何事情、並前去災害地點不引起注意，來到《星球日報》中當一名記者，戴上一副眼鏡僞裝並以人類的身份與露薏絲再度相遇。